Проте Верхнє місто в цілому ще справляло враження історичних руїн, хоч Софійський та Михайлівський собори вже було до певної міри відремонтовано. В ньому зберігалися укріплення давньоруських часів, які попри свій занедбаний стан ще мали фортифікаційне значення. За ігуменства Іова Борецького (з 1618),
"муляр Петро Німець, обиватель київський" спорудив при Михайлівському монастирі дзвіницю. Відома і церква св. Миколам па Подолі Миколи Прихписка церква.
Церковне будівництво розгортали і католики. Між 1618 та 1638 поблизу Житнього ринку під Замковою горою, на місці дерев’яного збудовано кам’яний домініканський храм св. Миколая, 1623 під Андріївською горою – костьол при монастирі бернардинів, заснованого за кілька років до того. В другій половині 30-х pp. XVII ст. в Київ повернулися і облаштувалися на Подолі єзуїти, які вже перебували в місті на початку 20-х pp.
Польська влада не наважувалася силоміць знищити відновлену в Києві православну митрополію, але не визнавала її офіційно і чинила діяльності православних всілякі перешкоди. Реакцією на конфесійне не рівноправ’я став 1622 збройний виступ православних киян проти уніатського духівництва. Чергові збройні сутички між православними й уніатами в Києві відбулися 1625. Під час антипольського виступу козаків на чолі з Марком Жмайлом городяни за допомогою прибулого з Запоріжжя загону здійснили розправу над активістами та покровителями уніатів, забивши війта Ф. Ходика та уніатського священика Юзефовича, який боровся за закриття православних церков. Антиуніатські збройні виступи киян відбувалися і в подальшому, зокрема в 1628 та 1629. Боротьба з уніатством велася, зрозуміло, і мирними, культурними засобами.
В цей складний час у Києві розгортається діяльність Петра Могили, який 1627 став архімандритом Києво-Печерської лаври. Він репрезентував табір ліберального православ’я, толерантно ставився до католицтва, прагнув до модернізації освіти і порозуміння з польською владою. Його зусиллями 1631 відкрито ще одну школу, яка почала діяти в приміщенні Троїцького монастиря Лаври. Важливу роль для подальшого розвитку київської духовної культури відіграло залучення П. Могилою до науково-просвітницької діяльності І. Гізеля.