Культурний розвиток Києва кінця XVII ст.- початку XVIII ст. пов’язаний з ім’ям гетьмана І. Мазепи. Попри те, що його офіційна резиденція знаходилася на сході України, в Батурині, Київ впродовж всіх років його гетьманування інтенсивно зростав як церковний і освітній центр України, виступав її духовно-культурною столицею. I. Мазепа значно більше, ніж попередні гетьмани, опікувався с правами Киева. Головним об’єктом його турбот був Киево-Могилянський колегіум, утверджений при його активній участі як академія.
Влітку 1691 за дорученням Київського митрополита В. Ясинського та гетьмана і. Мазепи від Києво-Могилянського колегіуму до Москви послано її префекта С. Озерського з трьома професорами і трьома студентами з "чолобитною" до молодих царів Івана та Петра, в якій містилося прохання затвердити цю освітню установу як академію. Підставою для цього було читання її ректором І. Кроковським курсу богослов’я. В січні 1694 київське посольство на чолі з і. Кроковським отримало в Москві царську грамоту, за якою Києво-Могилянський колегіум мав право користуватися всіма своїми традиційними привілеями, за ним визнавалося право читання богословських курсів, а також йому надавалося право самоврядування і власного судочинства над викладачами та студентами. Це були ті права і ознаки, які визначали статус європейських університетів і академій. Вони ще раз були підтверджені грамотою Петра І у вересні 1701, де, зокрема, зазначалося: "Академії їх Киево-Могилянській, що від початку свого заснування насправді мас рівні привілеї з іншими Академіями у всіх чужоземних державах, право свободи мати підтверджується".
За участю І. Мазепи в останнє десятиліття XVII ст. у Братському монастирі розгорнулося монументальне будівництво. Гетьман подбав про те, щоб замінити його старий дерев’яний храм кам’яним. Будівництво нового Богоявленського собору розпочато 1693 і завершено 1695. В 1703 гетьман розпочав спорудження кам’яного корпусу Києво-Могилянської академії. Але будівництво його завершено тільки в 1740. Коштами гетьмана було збудовано на старій Кирилівській церкві чотири наріжні бані і розкішний бароковий причілок на її фасаді. Його турботами у 1691-1705 принципово оновлено іі стилі українського бароко Софійський собор, який набув свого остаточного, збереженого до нашого часу, вигляду. Тоді ж одночасно з реконструкцією Софійського собору в 1699-1707 споруджено велику кам’яну, тоді ще триярусну, Софійську дзвіницю, трапезну монастиря та його південну браму.