Археологічному товаристві було влаштовано Церковно-археологічний музей, у якому в 1898 налічувалося понад ЗО тис. експонатів. Наукові праці викладачів та співробітників цього закладу з 1860 друкувалися в щомісячних "Трудах Киевской духовной академии". Але при всьому її значенні провідним київським вищим навчальним закладом був університет св. Володимира. Пожвавленню наукової роботи в ньому сприяв початок видання в 1861 "Университетских известий" та при них "Сборника сочинений студентов". З початку 60-х pp. при університеті створюється кілька наукових товариств, нові кабінети та лабораторії, в 1885 в спеціально збудованому для неї корпусі починає працювати клініка, заснована ще 1848. Відкриття в Києві політехнічного інституту в серпні 1898 перетворило місто в центр інженерно-технічної освіти і сприяло подальшій концентрації в ньому викладачів і вчених відповідного профілю. Спорудженим його власних перших 6 корпусів завершено 1901.
До названих закладів необхідно додати також мистецькі навчальні установи, передусім Київське музичне училище (потім – ім. Р. Глієра), засноване 1868, Музично-дарматичну школу М. Лисенка (1904) та Київську малювальну школу М. Мурашка, відкриту 1875, на основі якої 1901 створено Київське художнє училище. У 1913 на базі музичного училища Київського відділення Російського музичного товариства відкрито консерваторію. Ці заклади започаткували в місті сучасну систему музичної, драматичної та художньої освіти. В 1866 засновано Міську публічну бібліотеку.
З розвитком вищої освіти пов’язано успіхи в царині філософії, гуманітарних та природничих наук. Київський ідеалізм християнсько-платонівського ґатунку П. Юркевича в середині XIX ст. репрезентував найвищий рівень спіритуалістичної думки в межах всієї Російської імперії. В ті ж роки в Києві видано ґрунтовні праці О. Новицького "Постепенное развитие древних философских учений в связи с развитием языческих верований" у чотирьох частинах (1861 – 62) та чотиритомний "Философский лексикон" С. Гогоцького (1876) – першу в Російській імперії філософську енциклопедію.
Професор університету неолопбніанець О. Козлов 1885 почав видавати перший в Російській імперії філософський журнал "Философский трехмесячник". Наприкінці XIX – на початку XX ст. в університеті викладали такі блискучі різнопланові мислителі, як О. Гіля-ров, Г. Челпанов, С. Трубецькой, С. Булгаков та ін.