Від філософів та гуманітарних дисциплін у другій половині XIX – початку XX ст. не відставали і математичні, природознавчі, технічні та медичні науки Києва. Відомими математиками і механіками були М. Ващенко-Захарченко, В. Делоне, Д. Граве, брати М. та А. Дяченки, Д. Єрмаков, Г. Суслов, І. Рахманіновта Б. Пукрєєв. Провідними професорами фізики університету тих часів були М. Авспаріус, М. Шіллер, Й. Косоногое. Відомим ученим у галузі органічної хімії професор університету П.Алексеев. Значний вклад у розвиток органічної хімії вніс також професор університету М. Бунте. При лабораторії технічної хімії університету він 1873 заснував першу в Росії контрольну станцію для випробування світильного газу, а 1885 – лабораторію для випробування води. Чималий внесок в органічну хімію зробив професор університету С. Реформатський.
Помітну роль у геологічній науці в цей період відіграли вчені університету К. Фоофілактов – один із засновників вітчизняної стратиграфії та його учень П. Тутковський. Новий етан у розвитку стратиграфії розпочався роботами VI. Андрусова. В університеті проводилися також фундаментальні дослідження в галузі мікробіології. Г. Мінх і В. Високович розробляли методи боротьби з холерою її чумою, А. Пав-ловський винайшов оригінальну протидифтерійну сироватку, В. Підвисоцький вивчав шляхи поширення інфекційних хвороб. Наслідком зусиль у цьому напрямку стало відкриття в місті 1896 Київського бактеріологічного інституту. У галузі ембріології рослин відкриття світового значення зробив С. Навашин.
У цей період в Україні широкого розповсюдження дістали ідеї еволюціонізму. В університеті О. Северном створив вчення про співвідношення. ІІІмальгау сечі розробив оригінальні положення про шляхи і фактори еволюції, М. Холодний (автор гормональної теорії тропізмів) підтвердив висновок Ч. Дарвіна про локалізацію геотропічної чутливості у кінчику корня.
Серед постійних і дійсних членів Київського товариства лікарів бачимо імена таких корифеїв вітчизняної і світової медицини, як М. Пирогов, Л. Пастер, В. Бец, Сеченов, І. Мечников, О. Ковалевський, С. Бот-кін, В. Образцов, М. Скліфосовський, Ф. Яновський та ін. Члени товариства обговорювали наукові і практичні питання, сприяли покращанню санітарного стану міста та відкриттю в ньому низки медичних закладів. З 1886 при ньому почали проводити систематичні медичні читання, товариство регулярно видавало збірки наукових праць і доповідей своїх членів – "Праці Товариства київських лікарів", "Протоколи То нарис", популярні брошури.