Нова сторінка в історії Києва, як і всієї України, почалася навесні 1618, коли під проводом Богдана Хмельницького на боротьбу з шляхетсько-католицькими утисками піднялася Запорозька Січ, а потім і решта українського козацтва, до лав якого приєднувалися селяни і па боці якого виступило також православне міщанство і духовенство. Влітку 1648 повстання охопило всю Наддніпрянську Україну, поширюючись на Поділля та Волинь. Католицько-уніатська верхівка Києва в паніці залишала місто. Втік з нього і київський воєвода Я. Тніпкевич з адміністрацією та жовнірами.
Б. Хмельницький не мав часу на початковому етані повстання побувати у Кисні, але його провідну роль в Україні добре усвідомлював і, як про те писав у травні 1648 А. Кисіль, "Київ об’явив він своєю столицею". До Києва гетьман послав тритисячний корпус запорозьких козаків на чолі з полковником О. Теплушкіним, який, крім іншого, мав охороняти переправу через Дніпро. Але невдовзі корпус з частиною київських міщан з’єднався з основними українськими сичами. Після низки перемог наприкінці жовтня 1648 війська Хмельницького почали облогу фортеці За мостя, яка захищала шлях на власне польську територію. На відміну від більшості міст і містечок України Київ підчас повстання практично не постраждав.
Звільнивши від польського панування майже всю Україну, Б. Хмельницький як тріумфатор рушив до Києва. Коли наприкінці грудня 1648 гетьман наблизився до нього, назустріч йому перед руїнами Золотих воріт вийшло все населення міста на чолі з Єрусалимським патріархом Паісієм. який в той час перебував в Україні, та митрополитом С. Косівим. Студенти Києво-Могилянського колегіуму вітали його акламаціями, як Моісея, спасителя, освободителя і визволителя народу з лядської неволі, добрим знаком названого Богданом – від Бога даним".
Тоді ж гетьман дав розпорядження почати формувати Київський полк, призначивши його першим полковником С. Мужиловського. І Іевдовзі він очолив перше гетьманське посольство до царя Олексія Михайловича і в подальшому виступав переважно як дипломат. Замість нього на початку 1649 Б. Хмельницький призначив М. Кричевського. Саме він і здійснив основні заходи в справі організації Київського полку як війсково-адміністративної одиниці новоствореної Української держави. В полку нараховувалося 1792 козаки, а у власне київській сотні – 186.