Спеціалізований музейний заклад, експозиція якого присвячена історії української козацької державності XVII-XVIII ст. та українських визвольних змагань 1917-21. Створений 1993, розміщений у старовинному будинку кінця XVII – початку XVIII ст., відомому як "будинок гетьмана Мазепи" (вул. Спаська, 16-6).
Цікава історія будинку. З 1717 ним володіла київська козацько-міщанська родина Сичевських, представники якої в середині XVIII ст. обіймали високі посади в міському магістраті. З останньої чверті XVIII ст. будинок перейшов у власність київських купецьких родин. Так, з 1787 садибою володів купець Кузьма Усович, з 1809 – Олексій Хотяновський, з 1810 – родина Покровських, У 1811 споруда значно постраждала від пожежі, після чого її було перебудовано під керівництвом архітектора А.І. Меленського. Наприкінці XIX ст. будинок перейшов у спадщину до родичів Покровських – сім’ї Морачевських. Після революційних подій 1917-21 будинок націоналізовано і віддано під комунальні квартири, проте вже в 30-х pp. XX ст. квартири ліквідовано і старовинна кам’яниця протягом кількох десятиліть залишалася нежилою. В 1963 "будинок Мазепи" взято під охорону держави як пам’ятку архітектури.
В 1992 за ініціативою ряду громадських діячів Києва і представників української діаспори в місті створено Фонд Івана Мазепи, який зібрав кошти для реставрації будинку з метою створення в ньому музею. 11 березня 1993 видано розпорядження представника Президента України в місті Києві про створення в "будинку Мазепи" Г. м. У музеї постійно діють історико- меморіальні виставки "Гетьман Іван Мазепа" і "Геть–ман Павло Скоропадський", відбуваються засідання дискусійного клубу "Гетьманська вітальня".
Фондова збірка Г. м. налічує бл. 2,5 тисячі основних музейних предметів та 1,5 тисячі науково-допоміжних. Вони стосуються найрізноманітніших сфер життя тогочасного українського суспільства, починаючи з побуту, представленого фрагментами глиняного та скляного посуду, будівельними матеріалами, знаряддями праці тощо. Найбільш повно представлено Київ: матеріали двох житлових комплексів кінця XVII – початку XVIII ст., відкритих Подільською археологічною експедицією Інституту археології НАН України в урочищі Гончарі – Кожум’яки. Цікавою с колекція глиняних козацьких люльок з Київщини, Рівненщини, Львова, південних регіонів України. Військовий аспект козацької діяльності представлено фрагментами шабель XVIII ст., гарматними ядрами, деталями бойового обладунку. Серед цього матеріалу варт відзначити рогову порохівницю-натруску XVIII ст. з Чигирина та металеву кулелійку XVII ст., знайдену на території замку в м. Дубно (Рівненщина), дерев’яний, оздоблений різьбленням козацький підсумок XVIII ст. з с. Моринці (Черкащина). Духовний світ козаччини представлено стародрукованими богослужебними книгами (Тріодями, друкованими в 1743 в друкарні Києво-Печерської лаври в 1717 в друкарні Львівського Успенського братства) та окремими іконами XVIII ст. ("Архистратиг Михаїл", "Воскресіння Христове", "Різдво Христове").
Серед мистецьких творів – праці майстрів минулого і сьогодення: В. Масютина, Ф. Гуменюка, Л. Восдила, В. Литвина, В. Лопати, М. Стратілата та ін. Іконографія українського гетьманства представлена творами С. Луцака, В. Кохаля, Л. Воєдила, В. Масютина. Найстарший у цій колекції портрет гетьмана І. Мазепи роботи невідомого автора середини XIX ст., подарований музею п. Зоєю Роніш з Канади. Окремим розділом колекції є старовинна українська поштівка (перша чверть XX ст.) з репродукціями творів відомих співців козаччини С. Васильківського, А. Монастирського, І. Рєпіна, С. Вржеща, Я. Пстрака та ін. Книжкова Колекція нараховує понад 300 примірників, складається переважно з творів відомих дослідників минулого і сучасності, присвячених історії української козацько-гетьманської держави,- В. Антоновича, О. Єфиченко, М. Грушевського, М. Возняка, В. Горленка, М. Костомарова, С. Єфремова, В. Лукомсь-кого, В. Модзалевського, Т. Мацьківа, А. Яковлева та ін. Документальну її частину становлять збірник документів Б. Хмельницького (1963), перші публікації щоденника генерального хорунжого М. Ханенка (1858 та 1887), перша частина щоденника гетьмана П. Орлика (1934), праці В. Липинського 20-30-х pp. XX ст., опис подорожі геть.мапича Д. Скоропадського до Америки та Канади (1938), Доба гетьмана П. Скоропадського представлена особистими матеріалами родини Скоропадських, переданими до Г. м. О. Отт-Скоропадською, грошовими знаками, поштовими марками, численним документальним та фотоматеріалом,