Парафіяльний храм на Подолі (вул. Почайнинська, 2), найдавніша відома у документах християнська церква Київської Русі. Разом з іншими спорудами на церковному подвір’ї утворює цікавий невеличкий ансамбль практично на березі Дніпра. Соборна церква св. Іллі згадується літописом під 944. В ній дружинники-християни князя Ігоря присягалися додержувати умови договору Русі з Візантією. Достеменно І. ц. локалізація не відома, проте вона традиційно пов’язується з місцем розташування церкви св. Іллі XVTI ст. Дерев’яна парафіяльна церква св. Іллі Пророка вперше згадується 1632. У переліку подільських храмів 1613 вона ще відсутня.
Сучасную муровану церкву, "яко свою придворну", спорудив 1692 київський міщанин П. Гудима. Зображена на плані І. Ушакова 1695 як п’ятиверха. Середня баня мас гранчастий світловий барабан. Бічні бані були фальшивими, і згодом їх зняли. 3,1 планом повторює типовий український дерев’яний тридільний храм з гранчастими бабинцем, навою та вівтарем. За рахунок відмови від підпружних арок внутрішній простір сприймається як єдиний. Оздоблення фасадів має виразні риси московської архітектури. Барокові хрещаті вікна було розтесано у XIX ст. Храм значно постраждав під час пожежі 1718. Бл. 1755 будівлю відновив полковий осавул Павло Гудима. З півночі було прибудовано низький теплий боковий олтар св. Іоанна Предтечі, а перед церквою споруджено барокову браму з парними колонами та розірваним фронтоном. На ажурних металевих стулках брами вибито літери "ИП" – "Иля Пророк" (фрагменти церковного стінопису того часу розкрито 1957). У 1775 син Павла "сотник київський" Іван Гудима влаштував у боковому приділі іконостас.
Пожежа 1811 сильно пошкодила храм, але його швидко відновили. Тоді було змінено обриси бані та прибудовано ампіровий притвор з класичним портиком із заходу та притвор з півдня. В 1818 встановлено новий іконостас. Церкві належало кілька будинків та крамниць, які приносили їй чималий прибуток. У 1887 церкву перетворено на теплий храм, 1888 на території церковної садиби споруджено двоповерховий з приміщеннями для потреб причту та комерційного використання (вул. Почайнинська, 4). До цього ж часу належить і металева огорожа (1899). В 1909 художники іконописної майстерні Антона Малєнка поновили живопис стін, склепінь та іконостаса, а також написали нові образи під хорами (Божої Матері) і при вході в храм (св. Ан-тонія і Феодосія, Божої Матері). На початку XVLLI ст. поруч з церквою збудовано невелику дзвіницю з наметовим верхом, "слухами" для дзвонів та підбаиком з мурованою шийкою – типовою для московської архітектури. Силуетом вона нагадує збудовану практично одночасно дзвіницю церкви Миколи Доброго. Бл. середини XVIII ст. до дзвіниці добудовано одноповерховий будинок "малої бурси", де жили студенти Києво-Могилянської академії (нині хрещальня).
На початку 30-х pp. XX ст. церкву закрито й перетворено на склад для зерна. Церковна служба поновилася 1941. В 1954 відновлено верх дзвіниці, пошкоджений під час війни, 1970 відреставровано дзвіницю та бурсу, В 90-х pp. XX ст. позолочено баню храму.