(Вул. Б. Хмельницького, 37). Бере початок від Анатомічного театру Київського університету, в будинку якого розміщується. Останній побудовано в 1851-53 за проектом відомого архітектора О.В. Беретгі. Теперішня назва з 1973. Експозиція музею – це сторінки історії медицини від найдавніших часів і до сьогодення. В ній тематичні інтер’єри з фігурами вчених і лікарів у натуральну величину. Серед інтер’єрів – лазня часів Київської Русі, яка була не тільки невід’ємним елементом гігієни, а й виконувала важливу лікувальну роль, аптека кінця XVIII ст., операційна медичного факультету Київського університету, в якій оперував B.C. Караваєв.
У музеї – три діорами, які відображають медичну допомогу пораненим під час. війни, двоповерховий діорамний комплекс "Надання медичної допомоги захисникам Києва", діорама "Надання медичної допомоги у військах Богдана Хмельницького", яка розкриває одну з маловивчених сторінок української медицини – козацьку. Інтер’єри і діорами наочно демонструють основні віхи розвитку медицини, її пріоритети в різні історичні періоди.
Роботу зі створення музею удостоєно 1983 Державною премією України. Музей є почесним членом Європейської асоціації музеїв історії медичних наук. В 1999 набув статусу національного.