Напружені відносини з Наполеоном та чергова російсько-турецька війна 1806-12 підвищували стратегічне значення Києва і спонукали М.І. Кутузова до нарощування потужності наявних оборонних споруд та створення пов’язаних з ними нових систем укріплень. У 1810 відомим російським фортифікатором генералом К. Опперманом розроблено проект створення в Києві великого табору для запасних армій, посилення Старокиївської і Печерської фортець та спорудження нових земляних укріплень, В 1810-12 зведено потужне Звіринецьке укріплення на горі між Наводницьким яром та Видубичами.
Подією в історії забудови та розвитку територіально-планувальної структури міста стала велика пожежа 1811, внаслідок якої згорів майже весь Поділ. Вона знищила понад 2 тис. будівель, серед яких були і такі значні, як будинок магістрату на Контрактовій площі. Згоріли і кам’яні церкви, від більшості з яких (Миколи Доброго, Миколи Притиска, Іллінської, Богоявленського собору Братського монастиря, храму Успіння Богородиці Пирогощі тощо) залишилися тільки стіни. Значних втрат зазнала Києво-Могилянська академія та її бібліотека.
Після пожежі передміською владою як першочергове завдання постала відбудова Подолу. Було вирішено надати йому нове регулярне планування. Проект забудови Подолу розробили А.І. Меленський та В.І, Гесте. Під час реконструкції Подолу було розширено торгову площу, на якій у 1815-17 в стилі класицизму зведено новий двоповерховий цегляний Контрактовий будинок. Поруч завершено розпочате ще 1809 будівництво великого Гостинного двору, в якому незабаром розмістилося понад півсотні магазинів. Відновлено згорілі цегляні церкви й більшість громадських споруд, зокрема корпуси Києво-Могилянської академії. Тоді ж за загальним планом збудовано велику кількість житлових, переважно двоповерхових, будинків подільських міщан. За проектом А.І. Меленського 1824 у стилі класицизму зведено Воскресенську церкву Фролівського монастиря. Того ж року в ньому завершено перебудову спорудженої в 1740 дзвіниці.