Після підписання Б. Хмельницьким Березневих статей Січ почала відокремлюватися від Гетьманщини й відігравати власну роль у політичному житті України. Уже за часів Руїни Запоріжжя відновило свої позиції, тут переховувалися опозиційні до гетьманської влади сили. Проте на самій Січі вже не було колишньої єдності — поступово тут виникло декілька політичних таборів:
• проросійський;
• орієнтований на Туреччину й Крим.
Після підписання між Польщею та Росією в 1667 році Андрусівського миру Запоріжжя мало перейти під юрисдикцію Росії та Польщі. Та якщо Річ Посполита жодним чином не впливала на козацтво, то стосунки запорожців з Росією значно зміцніли. Незважаючи на всі зусилля Москви заручитися підтримкою Запоріжжя, козаки поступово змінювати свою орієнтацію, вони прагнули миру з турками й татарами, а натомість були налаштовані проти Москви.
У 1667 році поширилися чутки, нібито московські залоги мають зайняти Кодак і Кременчук. У результаті запорожці вбили царського посла Ладиженського, який їхав з посольством до татар, а кошовий Петро Суховієнко уклав з Кримом договір про боротьбу з Московською державою.
Після підписання з Польщею «Вічного миру» Запорізька Січ офіційно увійшла до складу Російської держави. Московський цар, воліючи використати запорізьких козаків у власних інтересах, надав їм чимало привілеїв, зокрема:
• передав у володіння нові території;
• забезпечив грошима, провіантом та бойовим спорядженням;
• не втручався в козацьке самоврядування та суд.
Проте це не заважало козакам виступати проти Москви, особливо коли йшлося про побудову московських фортець. Так, у 1687-1689 pp. запорожці протестували проти зведення московських фортів під Самарою, у 1700 році — на Кам’яному Затоні, а в 1705 році — на кордоні з Туреччиною. Питання про залоги було одним з каменів спотикання між запорожцями і гетьманом І. Мазепою.