(Вул. П. Орлика, 8). Створений 1978. Спочатку містився у приміщеннях Будинку Петра І на Подолі, в 1981-2004 знаходився у колишньому Кловському палаці (нині – в Палаці мистецтв "Український дім"). Музейні матеріали розміщено в 10 залах, що розкривають історію території міста від часів Кирилівської стоянки до сучасності. Музейне зібрання складається з колекцій археологічних матеріалів (переважно знахідки останніх десятиліть), етнографічних і нумізматичних колекцій, колекцій ікон та ін. церковних витворів, побутових речей, стародруків, поштових листівок, фотографій, креслень, документів і листів киян різних часів. В музеї відкрито постійні виставки, регулярно експонуються тимчасові, діють клуби за інтересами, читаються лекції і доповіді з історії міста та його мешканців.