Паралельно велися складні переговории між Москвою та Константинополем щодо статусу Києвської митрополії. В 1686 її офіційно перепідпорядковано патріарху Московському, в царській грамоті підтверджувалися її традиційні "права і вольпоєтї". В 1687 Константинопільський патріарх Діопіеій спеціальною грамотою узаконив перехід Київської митрополії під юрисдикцію патріарха Московського.
При покровительстві Церкви, попри всі трагічні обставини доби Хмельниччини та Руїни, впродовж другої половини XVII ст. у Києві продовжувався розвиток освіти і культури. Він функціонував як потужний друкарський центр. У цілому продовжувалися і розпиналися традиції, іа кладем і за доби П. Могили. Під редакцією І. Гізеля, який 1648 став ігуменом Братського монастиря та ректором Києво-Могилянського колегіуму, а з 1656 перебував архімандритом Києво-Печерської лаври до своєї смерті в 1683, двічі перевидавався Печорський Патерик (1661 і 1678). Велике значення мали його "Повний курс філософії" (1645-47), який він читав у Києво-Могилянському колегіумі, та виданий Лаврською друкарнею "Мир з Богом людині" (1669). Закладалися основи староукраїнського шкільного театру і 1667 вперше згадується вертеп. З цього час у формується і традиція постановки київських студентських вистав на біблійні сюжети.
В ті ж роки ігумен Київського Михайлівського монастиря Ф. Сафонович, спираючись на великі літописні матеріали і орієнтуючись на зразки польських хронік, виклав вітчизняну історію, яка була видана І. Гізелем під назвою "Синопсис" (1674). Існує думка, що по тільки редагування, а й у значній мірі і авторство цієї праці належить І. Гізелю. "Синопсис" мав компілятивний характер, але за браком праць з вітчизняної історії він до середини XIX ст. витримав 25 перевидань, останнє – в 1861.
Завдяки цим та іншим діячам Київ і за трагічних подій доби Хмельниччини та Руїни не тільки встояв, а й розвинувся в найпотужніший в усьому православному світі освітньо-культурний духовний центр.