Після процесу СВУ, під час якого називалися імена багатьох членів ВУАН. значно жорстокішою стала цензура над науковими виданнями, а деякі структури Академії розформовувалися. Так, 1931 розпустили історичну секцію М. Грушевського, а його самого вислали до Росії, де він під час лікування помер у 1934, мабуть не своєю смертю. Сурові переслідування випали на ДОЛЮ його колег та учнів, серед яких майже ніхто не пережив сталінські часи. Паралельно було взято курс на згортання "українізації".
За ініціативою голови республіканського ОГПУ (перейменованого 1934 в НКВС) В. Балицького 1933 сфабриковано справу "Українського національного центру", за якою в Києві, Харкові, Дріпропотровську та ін. містах репресовано близько 50 осіб. Тоді ж почали розкручувати справу "Української військової організації", до якої записали, головним чином, молодих учених Інституту лінгвістики та літератури, факультету марксистської літератури та співробітників Держвидаву. Репресії мали настільки всеохоплюючий характер, що, наприклад, наприкінці 1933 серед співробітників Інституту польської культури ВУАН не заарештованим залишився тільки один.
У,липні 1937, коли столицю України вже перенесено з Харкова до Київа, піщівного удару завдано по ЦК ЛКСМУ, керівників якого оголошено ворогами народу. З цього в Україні почалася кампанія великого терору. Він посилився після прибуття до Києва в серпні 1937 комісії з Москви в складі В. Молотова, М. Хрущова та М. Єжова, яких супроводжували потужні сили НКВС. В. Молотов наполягав на шятті з посад та виведення з складу ЦК КП(б)У С. Косіора, Г. Петровського та П. Любченка та обрання першим секретарем М. Хрущова. Між тим члени українського ЦК відмовилися голосувати за цю пропозицію. В’ Молотов по телефону запросив інструкцій особисто від И. Сталіна, після чого вийшов з вимогою до керівників КП України їхати до Москви для спільного засідання з Політбюро ЦК ВКП(б). Відмова означала б порушення партійної дисціпліни і неминучі репресії, згода- неминучу загибель. Розуміючи це, П. Любченко ЗО серпня застрелив дружину і застрелився сам, а тих, хто поїхав до Москви, було там заарештовано.