З перших днів окупації вони розгорнули диверсійно-підривну роботу, якою керував B.C. Кудряшов. З ладу було виведено водокачки на залізниці, залізничні майстерні, окремі цехи на фабриках і заводах, які не встигли підірвати при відступі. Але впродовж жовтня 1941 майже всіх учасників київського комуністичного підпілля було схоплено. В 1942 закатовано керівника її розвідувально-диверсійного підрозділу І.Д. Кудрю.
Проте, завдяки наявності заздалегідь створених запасних підпільних партій комсомольських структур наприкінці року диверсійно-підривну діяльність в місті відновлено. В грудні 1941 – січні 1942 в місті склалася підпільна більшовицька організація "Смерть німецьким окупантам", яка мала 20 явочних квартир, облаштований схрон з друкарнею, зброєю, радіоприймачами. Секретарем її бюро був Г.С. Кочубей. Влітку 1942 ця організація об’єднувала 9 груп, що діяли на ряді підприємств міста та поширювали свій вплив на окремі села Київської, Чернігівської й Житомирської областей, встановивши контакти з комуністичними партизанськими загонами, які діяли на їх теренах. Члени організації вели агітаційно-пропагандистську роботу, розвішували листівки антифашистського спрямування, влаштовували діверсії на підприємствах і залізницях. В січні 1943 гітлерівці вистежили частину підпільників на чолі з В.І. Ананьєвим, яких схопили і невдовзі розстріляли. Після нового удару по організації в березні того ж року, її керівництво, щоб уникнути арештів, прийняло рішення про відправку більшості її членів на чолі з Г.С. Кочубеєм до партизанського загону "За Батьківщину", який діяв у лісах Чернігівщини,
З робітників заводу "Арсенал" навколо комуністів Д.Я. Нестеровського і М.І. Гайцана в жовтні – листопаді 1941 створено підпільну групу "Арсеналець", яка підтримувала зв’язки з партизанськими загонами Київщини та Чернігівщини, розклеювала листівки антифашистського змісту та проводила окремі диверсійні акти. В серпні 1943 її керівників заарештовано й забито в гестапівських катівнях. Але більшість її членів діяла до часу визволення міста від окупантів. У грудні 1941 на Чоколівці В.Д. Шишкіпим створено ще одну комуністичну підпільну організацію "Київський робітник". Вона також розповсюджувала антифашистські листівки в Києві та навколишніх селах і відправляла молодь міста до партизанських загонів.