Наприкінці 1240 після тривалої облоги взято і спустошено Київ. Останнім осередком оборони в ньому був давній центр міста на Старокиївській горі. Але 6 грудня 1240 монголо-татарським військам вдалося прорвати укріплення іі оточити останніх захисників у Десятинній церкві. Невдовзі її стіни від ударів таранів впали. Більшість киян загинула під час штурму міста, про що свідчать археологічні й письмові джерела. Але багатьох було забрано в полон. Ремісників загарбники поселили у підвладних їм містах, зокрема, як з’ясувалося останнім часом, у приморському Судаку.
Незначна кількість людей, яким пощастило переховатися і вижити, в наступні роки поволі відроджувала осередок життя на Подолі. В середині 40-х pp. ХНІ ст. тут нараховувалося вже близько 200 будинків. Чергового удару місту, що ледве почало оговтуватися після Батиевого погрому, завдав 1299 напад монгольського темника Ногая. Напередодні, при звістці про наближення ворогів, населення розбіглося, а митрополит Максим подався на Суздальшину. Наступні митрополити, зберігаючи титул "київських", перебували спочатку у Володимирі-на-Клязьмі, а з 1325 – у Москві.
Панування створеної Батисм величезної держави, Золотої орди, над Середнім Подніпров’ям тривало до 60-х років XIV ст., коли Київська, Переяславська і Чернігівська землі визнали над собою владу литовських князів з династії Гедиміновичів. їхнє правління в порівнянні з владою золотоординських хапів було менш обтяжливим. В 1362 Київ увійшов до складу Великого князівства Литовського (Литовсько-Руської держави). З цього часу впродовж більш трьох десятиліть тут княжив православний християнин Володимир (1363- 94), син великого князя Ольгерда. Його правління сприяло відродженню міського життя, що зосереджувалося на Подолі. Резиденцією князя став збудований на Киселівці дерев’яний замок, у якому в разі небезпеки міг сховатися міський люд. Про відродження міста свідчать не тільки знахідки золотоординських, польських, німецьких та ін. монет, а й факт, що в ньому тривалий час перебував митрополит. Активізовувалося життя і в монастирях – Києво-Печерському, Софійському, Михайлівському Золотоверхому, Микільсько-Пустинному, Видубицькому.
Наступний період в історії міста пов’язаний з правлінням у Великому князівстві Вітовта (1392-1430). Заволодівши Києвом 1395, він віддав його Скиргайлу, а після його смерті в 1397 призначив намісником православного Івана Борисовича, князя Голшанського. В цей час у Золотій орді панували смути. В 1398 її хан Тохтамиш, розбитий Тимуром, з кількома тисячами вершників прибув до Вітовта в Київ просити допомоги. Вітовт виступив на його боці, але зазнав жорсткої поразки в битві на Ворсклі. В ній загинуло багато киян на чолі з Іваном Борисовичем.