До 1615 року у Києві діяла Києво-Печерська братська школа, такі школи були поширені на той час: діяли у Львові, Луцьку, інших містах. Зазвичай вони гуртувалися навколо монастирів. 15 жовтня 1615 року знатна киянка із шляхетського року Галшка Гулевичівна подарувала дім і “всі його приналежності” монастиреві для школи для дітей. Ця школа і стала родоначальницею Києво-Могилянської академії.
У 1634 році на місці старої дерев’яної церкви гетьман Іван Мазепа звів нову, кам’яну – вона була зруйнована лише у 1934 році. Так само школу підтримували інші гетьмани, зокрема, Петро Конашевич-Сагайдачний, є дані, що він разом “зі всім військом” вступив до лав Київського братства.
Ректорами були люди освічені та знані на той час: Іон Борецький, Мелетій Смотрицький та інші. Найбільш відомим став Петро Могила – він об’єднав у 1632 році Лаврську школу із Київською братською і назвав це Братською або Київською Колегією. Крім того, він розширив бібліотеку та фактично перетворив її на Академію. У 1658 році гетьман Іван Виговський, випускник Колегії, зміг добитися офіційного визнання Колегії за Академію. Києво-Могилянська академія стала першим у східній Європі православним вищим навчальним закладом. Серед вихованців Академії були гетьмани, митрополити та “всякі вчені люди”, вона дала видатних вчених, письменників і поетів, богословів та філософів Україні, Росії та іншим країнам.
У 1817 році, після знищення Запорізької Січі, закрили і духовний оплот українства – Києво-Могилянську академію, на території Академії відкрили Духовну семінарію, яка існувала до 1918 року. З 1920 року в стінах Академії діяло Військово-морське училище.
Лише після здобуття незалежності силами меценатів та всілякої підтримки В’ячеславу Брюховецькому вдалося відновити навчальний заклад. 24 серпня, через рік після проголошення незалежності, Києво-Могилянська академія знову прийняла спудеїв.
У 1994 році Указом Президента України Києво-Могилянській академії було надано статусу Національного університету. У 2015 році НаУКМА святкуватиме своє 400-ліття з дати заснування.
В університеті діють шість факультетів: факультет гуманітарних наук, факультет економічних наук, факультет інформатики, правничих наук, природничих наук і факультет соціальних наук і соціальних технологій. Крім того, діє департамент післядипломної освіти “Києво-Могилянська бізнес-школа”. Також в університеті діють 29 наукових інституцій, серед яких: Центр сходознавства, Центр польських і європейських студій, Інститут громадянської освіти, Лабораторія генетики та клітинної біології, Лабораторія екотехнологій та інші центри.
Університет за багатьма рейтингами вищих навчальних закладів України займає лідерські позиції, часто виступає інноватором нововведень, як це було із тестуванням абітурієнтів, впровадженням принципів болонської системи та використання електронних баз даних бібліотеки для пошуку наукових статей та наукових видань з усього світу.